蒙藏委員會是「秋海棠版中華民國」思維下的產物，蔡英文以「中華民國是台灣」當選總統後，調整蒙藏會是勢在必行。然而去年五二○後北京凍結對台溝通管道，蔡英文政府不得不重新思考調整蒙藏會將引發的政治效應。
英全政府去年一上台，為實踐選前承諾，秣馬厲兵進行各項改革，亟思翻轉國家這部大機器。十個月下來，較大改革如一例一休、年金改革仍在爭議對抗中；較小改革如第一階段組改，將蒙藏委員會併入陸委會，最近出現髮夾彎「裏足不前」，據聞，與層峰五二○重新定調兩岸政策有關。
去年十月二十四日，人事長施能傑在立法院宣布分階段組改，希望能趕在今年五二○前夕，三月底前將共識性較高的組織，如蒙藏會、化學局（環境保護署毒物及化學物質局）等，納入第一階段組改。
裁撤蒙藏會怕惹惱中國？
如今前者涉兩岸關係未明，蒙藏會官員正「打包」靜候處理，後者則因考試院有意見（化學局已先成立），仍在爭議中。
官員表示，施能傑認知的「共識性較高」，可能僅單純的就組織變革做難易的衡量，但未能敏感察覺蒙藏會存在的象徵意義與政治性，否則組改早已完成，何勞施能傑再做宣示？
蒙藏會官員表示，「這些年來外界常聽到裁撤蒙藏會，我們是聽得太多了。從稱呼前蒙藏會委員長高思博是末代委員長，一直到羅瑩雪、蔡玉玲、林美珠，都經過幾任了，誰還在乎誰是末代委員長。還記得之前林美珠才接委員長，現在又殺出一個許璋瑤。許璋瑤正職是政務委員，他身兼台灣省主席、蒙藏委員長，在接任委員長時，開玩笑表示：『我現在才真是管很大呢！』」
蒙藏會核心官員表示，二○一○年馬政府主政時，就已規畫將蒙藏會併入陸委會，成為陸委會「蒙藏處」。但這機關在馬政府主政時，被貼標籤「傾統」，對岸疑慮小，在蔡政府主政被標示「傾獨」，一旦現階段被裁併，可能被指「去中國化」，對岸疑慮多，因此蒙藏會的組改工程就被緩了下來。
相關官員透露，蔡政府的兩岸政策，堅持「維持現狀」已近一年，在獨派團體步步進逼，及感受不到對岸善意回應的情況，已有跡象顯示，陸委會最近開始忙起來，研判蔡總統有可能於五二○微調兩岸政策，朝務實的方向走。若此一研判屬實，蒙藏會組改，似有可能延到七月以後。
