出院前的身體檢查
新生兒身體檢查與篩檢的意義，在於確認寶寶出生後的身體狀況得以在子宮外的環境適應良好，若有所不足，亦可透過早期發現、早期治療的方式，來逐步修復健康或減少可能的疾病風險。
新生兒例行檢查（公費）
寶寶出院前會接受的例行檢查包含身體理學檢查、神經學檢查、聽力篩檢、經皮血氧飽和度篩檢，以及先天代謝異常疾病檢查（補助項目），分述如下：
理學檢查
透過聽診器與觸診，確認寶寶的頭部、身體與四肢外觀及生理狀況是否穩定，例如：觀察寶寶心跳或呼吸有沒有雜音、頭部是否有水腫或凹凸不平、頸部是否歪斜、背部是否凹陷、肛門有無暢通、生殖器官外觀是否正常，以及是否有疝氣或腫塊的現象等，同時也會特別留意寶寶髖關節的穩定度，確保沒有滑脫且張力正常。
神經學檢查
寶寶出生後，會有許多自然的原始反射，這些原始反射對應到寶寶各部位的神經發展，可讓醫師藉此觀察神經系統與骨骼的發育是否出現異常。以寶寶的驚嚇反射來說，該反射屬於脊髓區的神經反射，亦即神經的反射中樞接收到刺激後，把訊息傳出，使四肢出現驚嚇動作，若新生兒接受到刺激後，未做出此反射，則須再行確認脊髓神經是否有問題、上臂神經是否有壞損或肢體與鎖骨是否有受傷或斷裂等。
聽力篩檢
新生兒聽力篩檢的進行須透過儀器操作，觀察寶寶對接收聲音的腦波反應。通常於出生後36小時內進行第一次篩檢，過程約2∼10分鐘即可完成，若未通過，則60小時內需再進行複檢，當初篩與複檢都未通過，就須安排聽力診斷，依聽損的程度選擇助聽器或人工電子耳，並搭配早期聽力療育課程，若能在月齡6個月前讓寶寶開始接受療育，便能讓寶寶的語言發展更順利。
經皮血氧飽和度篩檢
以萬芳醫院為例，寶寶出生後，醫護人員會透過觀察新生兒的血氧濃度，觀察數值是否符合標準，初步排除發紺型先天心臟病的可能性，若數值持續未達標準，就須考慮轉介小兒心臟科醫師，確認是否有任何心臟疾病。
先天代謝異常疾病篩檢
透過採集嬰兒的少量足跟血（約0.2∼0.3c.c.），檢測寶寶是否有先天代謝異常的疾病。國民健康署目前補助的代謝疾病包含11項，共委由3間篩檢中心統一辦理國內所有新生兒的篩檢業務。
臺北市立萬芳醫院小兒部新生兒科專任主治醫師楊爵源表示，新生兒採集檢體的時間通常必須在餵母奶24小時後，或是出生滿48小時後，透過檢體，醫事人員可了解新生兒喝奶後，體內的代謝物質如：肝醣、黏多醣、脂肪酸、胺基酸或有機酸等代謝物，是否能夠順利代謝，或是因為代謝不良而於各臟器中造成滯留，並造成可能的嚴重後遺症與疾病。
目前除了國民健康署指定的11項代謝疾病由政府補助篩檢之外（免費，但部分醫療院所會依各自的規定酌收行政費用），各病理中心依據其先驅計畫，也會有部分免費的自選篩檢項目供家長勾選，如：黏多醣症第II型、脊髓肌肉萎縮症（SMA）、串聯質譜儀檢測或芳香族L－胺基酸類脫羧基酵素缺乏症（AADC）等，這些自選項目無須額外多採集寶寶的腳跟血，但須獲得爸媽事先勾選同意才能一併檢驗。
自費檢查：超音波篩檢
除了上述公費的篩檢項目之外，醫療院所還會提供自費的新生兒檢查項目表單供家長勾選，包含腦部超音波、腎臟超音波、腹部超音波、髖關節超音波與心臟超音波篩檢等，這些超音波篩檢提供想更進一步確定寶寶健康狀況的家長有所選擇，但檢驗結果的報告書則建議尋求信賴的小兒科醫師詳細解說，避免因為不了解數值意義或名詞解釋而產生誤解，造成不必要的焦慮情緒。
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