大雄寶殿前廟場，立有由康熙、乾隆及嘉慶三位清朝皇帝所立石碑，廟場東側有乾隆高達五公尺的御碑，大文殊殿前也有康熙親題的「五台聖境」，看來清朝皇帝跟菩薩頂關係密切，其實確實很特別，康熙來過五次，雍正一次，乾隆六次，嘉慶一次，康熙22年還特准菩薩頂使用與北京皇宮同樣的三色琉璃瓦修建，設軍隊保護寺院，乾隆年間還特設行宮，處處凸顯菩薩頂的特殊及尊貴。
順治帝過世時才24歲，確實太年青，以現在眼光看才研究所剛畢業，正是身強體壯的年紀，加上朝廷沒明確宣布順治死因，清史稿世祖本紀上記載：「十八年春正月壬子，上不豫。丙辰，大漸。赦死罪以下。丁巳，崩於養心殿，年二十四。」，只有寥寥數句，連病因都沒提，以致臆測謠言四起；民間傳言有稱順治其實未死，只是因對其愛妃，早四個月過世的董鄂氏，過於悲痛而萬念俱灰，遁入空門；也有傳言謂滿州親多爾袞權貴發動政變，順治被逼退位，隱居佛寺，匿名為僧；正史確實有記載順治曾對漢傳佛教的禪宗著迷，也曾召僧人玉林琇、茚溪森、木陳忞等人入宮，論經說法，大談佛理；傳言沸沸揚揚，順治出家之迷被認為是清初四大疑案之一。
