虎頭埤的水中生態調查，發現不少外來種威脅本土魚類。

吳首賢表示，虎頭埤風景區與中興大學新化林場一帶生態豐富，是觀賞蝴蝶的極佳地點，近年來，在新化林場發現黃裳鳳蝶（台灣特有亞種）穩定族群，建議在虎頭埤園區中廣植蝴蝶蜜源及食草，營造蝴蝶的適宜環境，吸引更多蝴蝶棲息。

另，長期在此區投注生態攝影的西拉雅「追鷹人」萬俊明，也拍到不少大冠鷲交配、築巢及孵化養育下一代的照片。當地是大冠鷲重要棲息地，因鳥類是生態系的中階消費者，猛禽是高階消費者，代表這裡有豐富的生態系。

吳首賢說，比較憂心的是虎頭埤水域生態，水庫中魚類以餐條（台語：苦槽仔）、琵琶鼠、吳郭魚、珍珠石斑、紅魔鬼為優勢種，原生魚種只剩下餐條、極樂吻鰕虎2種，其餘以外來魚種居多，尤其七星飛刀在4個月的調查中就有2筆紀錄，釣客訪談中也多有釣獲紀錄，推測七星飛刀經在虎頭埤內建立穩定族群，對既有棲地生態構成威脅。

吳首賢指出，外來種生物問題是台灣埤塘共同面臨的嚴重課題，外來種產生主因大多是民眾的放生行為造成，不可能將水放光全面清除外來種，只能盡力防堵，呼籲別再野放任何外來種，避免問題擴大。