財政部日前修正發布營利事業所得稅查核準則（以下簡稱查準），主要為因應企業會計準則公報的施行、配合其他部會相關法令及財政部解釋令，以及為減少爭議並達到簡政便民等目的。但本次修正各條文究竟何時起施行及生效，查準本身並未清楚交代。因為依其第117條自發布日施行，及第116條將4條次部分款項提前施行於未確定案件，此應該僅限於查準自創條文。若屬外來條文，則應以外來條文生效日為準。
營所稅查準修訂逐條解析
A.未確定案件即可適用：
此部分條文於查準第116條規定為未確定案件即可適用修正後條文。由於查準修正發布時間為今（106）年初，當時104年度的核定通知書尚未送達納稅義務人，因此可說是104年度起的案件均可適用。
【第74條第3款第2目】配合內政部的「入出國自動查驗通關系統」的規定，採用自動通關時由於護照不再經人工蓋上出入境章，因此若遺失登機證時，將無法以護照出入境章影本做為證明，修正為可用「其他證明文件」證明出國事實。
【第86條】為達到研究發展費用與申請研發投資抵減脫鉤，修正後取消申請投資抵減相關規範文字，使未申請投資抵減者也可採用此費用列報；以及配合各項投資抵減辦法新規定，修正後增列購買專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之攤折或支付之費用等也可列報此費用。
【第95條第2款】變更固定資產的耐用年數，修正為不再需要向稽徵機關申請核准。
【第97條】補繳暫繳稅款所加計的利息、自動補報繳漏稅款所加計的利息，以及各種稅法規定加計滯納利息，為使用金錢成本的對價，修正為可列報費用。
B.104年度起適用：
【第71條】依勞動基準法第56條第2項規定，預估隔年勞退舊制的退休情形，補提舊制勞工退休準備金的差額，得全數列作費用。此部分於104年度營所稅結算申報書(第6頁) 即已列入適用，故實務上不會產生追溯適用辦理退稅問題。
【第88條】為鼓勵為員工加薪，免列入綜合所得課稅的伙食費限額提高至2,400元。
C. 104年8月6日起適用：
104年8月6日當日蘇迪勒颱風開始影響臺灣，此條文自該日起適用，使營利事業對該颱風之受災戶的捐助，可列作費用：
【第79條】配合災害防救法第44條之3規定，捐贈教育、文化、公益、慈善機關或團體，進行災區及受災戶重建及救助，捐贈金額可認列費用無上限。但此僅為營所稅的放寬，在營業稅的部分，則透過機關團體捐贈物資仍須視為銷售，仍要負擔營業稅負；若捐至政府賑災專戶，才不會被視為銷售。
D. 105年度起適用：
為配合企業會計準則公報自105年度起適用已達成財稅一致，以及配合財政部相關規定修正：
【第2條】105年1月1日起，增列企業會計準則公報為非公開發行公司編製財報的依據。法令適用的依序是商業會計準則及其相關法規，次為企業會計準則公報。
【第24條】配合企業會計準則公報的規定，增訂「成本回收法」，適用於工期為一年以上，且工程損益確實無法估計者。相對的，損益可以合理估計者，則採完工比例法。在首次適用企業會計準則前尚未完成的工程，仍以原方法計算損益。
【刪除第24條之1】以包工包料建屋預售且損益可合理估計，105年度起不可用完工比例法認列損益。
【第36條之2】判斷融資租賃、營業租賃的區別，修正為依企業會計準則公報的規定，因此條文刪除融資租賃的判斷條件。
【完整內容請見《會計研究月刊》2017.4號】
